Para que a nota fiscal gere a parcela quitada é necessário selecionar uma condição de pagamento a qual na sua configuração a opção gera parcela quitada esteja marcada.
Acesso na tela nota fiscal:
1-Acesse a aba parcelas;
2-Selecione a condição de pagamento;
3-Clique no botão quitação, preencha os dados para concluir a quitação da Nota.
Observação:
Não esqueça de ativar o parâmetro 00206. Configurar quitação em pedidos e notas fiscais" como sim.